Маргин у инпута у вас задан (можете глянуть через DevTools), просто на "вылезание он у вас никак повлиять не может. У вас прописано box-sizing:border-box и width:100%, поэтому ширина инпута равна ширине родителя (т.е. зафиксирована), но у вас есть ещё и маргины. Левый маргин отталкивает инпут от границы родителя и смещает инпут вправо и правый маргин просто “выпадает” за границы родителя.