Начнем с первого вашего вопроса про внутренние отступы. Вы обернули текст внутри блоков в параграфы. У тега p есть свои отступы по умолчанию, как внутренние, так и внешние.
Большая часть проблем решается добавлением следующего правила:
p {
padding: 5px;
margin: 0;
}
Таким образом, все записи типа padding-top: 1px; и padding-left: 5px; можно убирать и код становится короче. Но надо исправить размеры у блоков, везде добавить эти 5px по ширине.
Далее ваш вопрос по поводу отступа у header. Это вы уже должны были знать, в теории было в курсе “Блочная модель документа”. Эффект называется “Выпадание” внешних отступов". Перечитайте, если подзабыли.
А теперь замечания. И первое, это использование распорок. Вы использовали распорку один раз, хотя для блока .features ее тоже нужно применить. Тогда clear:both; и некрасивый margin-top:130px; для footer не понадобится.
Почитайте еще эту тему. Обратите внимание на примененный для центровки содержимого .layout-positioner. С его помощью можно будет убрать записи padding-left:55px; и margin-left:50px;
Переделайте свой вариант с учетом всех замечаний. Потом хотелось бы снова взглянуть на него. Если будут сложности или другие вопросы, то задавайте.