Мой мозг категорически не захотел понимать как применить цикл в решении этой задачи и решил ее так:
var days = 9; // Дней в периоде
var period = 3; // Как часто я ем протеин (раз в три дня)
var workDayAmount = 200; // Количество протеина в будние
var weekendAmount = 100; // Количество протеина в выходные
var total;
var dayCount = Math.floor(days / 3);
var workDayCount;
var weekendDayCount;